1912 : Création de l’hôpital comme premier hôpital à Rabat appelé hôpital des musulmans. C’était un hôpital multidisciplinaire doté entre autres d'un bloc opératoire pour la chirurgie (viscérale, traumatologique…) ; d’un service appelé service des fiévreux (typhus, variole, peste, syphilis, paludisme, lèpre...et tuberculose).
1918 : Nommé Hôpital Moulay Youssef.
1955 : Devenu un hôpital exclusivement de phtisiologie après l’ouverture de l’Hôpital Ibn Sina.
1983 : Devenu Hôpital Universitaire de Pneumo-phtisiologie après la création du Centre Hospitalo-Universitaire Ibn Sina.
1990 : Ouverture du service de pneumologie.
2004 : La superficie de l’HMY est réduite de moitié après création du Centre Préfectoral de Rabat.
2010 : Création du service de l’Hôpital du Jour & Explorations Fonctionnelles Respiratoires.
2011 : Création d’une Unité Nationale des Multirésistants.
2014 : Restructuration des services cliniques.
